由中華民國珊瑚礁學會調查人員在東北角、花東海岸、蘭嶼、綠島、墾丁、澎湖、小琉球、進行潛水檢驗，結果卻發現台灣地區的珊瑚礁正面臨一場前所未見的浩劫，氣候因素與人為破壞使得珊瑚礁奄奄一息。學者預測，依此速度，台灣珊瑚可能在十年內全數滅絕。
東北角海域地形變化多端，有峽灣、海灣、岩岸和沙岸，底質則以砂岩和頁岩為主，硬底質的海底大多有珊瑚分佈。調查發現，活珊瑚僅佔底質的16%，藻類卻高達60%。珊瑚礁區的海底生物只有極少數的碟魚和魔鬼海膽。這裡的自然環境較差（冬天水溫可能低於18度，另有東北季風和颱風侵襲），過漁及高度的遊憩壓力，可能是這裡珊瑚和其他生物數量較少的原因。
調查點二：東部海岸
東部海岸珊瑚礁呈點狀分佈，部份海岸陡直，無法由陸路調查。就今年調查的地點而言，有幾項特徵：一是海藻多，這是優氧化的現象；二是許多地點混濁狀況嚴重，這與台11線拓寬工程、水土流失有關，這兩項皆導因於人為活動；第三則是今年有大量珊瑚白化的現象，水深3公尺處，約有25%-45%的珊瑚受此影響。魚類則僅見小型魚類，也少見海膽、大型貝類，有遭過度捕撈的現象。
調查點三：綠島
綠島珊瑚礁體檢於9月上旬分別在南寮、柴口和公館1公尺、3公尺及10公尺水深進行。西岸南寮漁港外，以軟珊瑚最具特色，10公尺深處可達60%，3公尺深也超過了20%。與去年比較最明顯的差異是大量珊瑚白化的現象，在綠島西岸3公尺處約有80%珊瑚白化，而白化現象一直延伸到20公尺以下水深，約仍有10%的珊瑚受到波及，北岸則狀況較佳。標的魚種及生物方面，與台灣結果極為相似，大型魚類，如石斑、鸚哥魚均未見到，硨磲貝亦僅存少數個體，碟魚則仍常見。
調查點四：蘭嶼
蘭嶼有溫暖的黑潮流過，這裡的珊瑚群是以石珊瑚為主發展而成的群礁。經過珊瑚礁體檢調查，3公尺深的活珊瑚覆蓋率為33%，而10公尺處為48%，將近89%的珊瑚呈現白化。除了碟魚和魔鬼海膽外，大部份的標的魚種和珊瑚礁無脊椎動物闕如。1公尺深處水溫為35度，而20公尺處為31度，全球氣候異常可能是導致蘭嶼珊瑚嚴重白化的主要因子。
調查點五：墾丁
調查點六：小琉球
小琉球近岸破壞嚴重，但無漁港及遊客的地點則狀況較佳。以杉板路為例，15公尺深處的片狀珊瑚聚落完全無破壞；美人洞外多樣性高的蕈珊瑚更是其他地方所少見。就魚類而言，大型魚均未曾在調查期間見到，是珊瑚礁生態系的危險徵兆。今年9月間大量珊瑚發生白化現象是往年所無的。由於全台灣均有此現象，可能與地方性環境因素無關，而與黑潮帶來異常暖水有直接相關。
調查點七：澎湖
澎湖群島的珊瑚礁多集中在淺海，以石珊瑚為主。調查人員分別在澎湖本島的崎頭、蒔里、蛇頭山和青彎進行調查。死珊瑚平均覆蓋率為45%，以蛇頭山1公尺深處最高，為67%。除了碟魚和魔鬼海膽外，大部份的標的魚種及無脊椎動物都闕如。澎湖珊瑚礁衰敗可能與過漁及急增的遊憩壓力有關。
